הכנסייה היא, כמו המדינה, אדם משפטי, אך מטרתה אינה זמנית, כמו זו של המדינה. שתיהן חברות שלמות ומושלמות, אבל כוחו של הכס הקדוש, ההיררכיה הגבוהה ביותר בכנסייה, הוא על טבעי ורוחני. הוא גם על-לאומי, כי הוא חורג מגבולות המדינות.
כבר נצפה בקטעי המקרא הביטוי: "תן לקיסר מה ששייך לקיסר ולאלוהים מה שלו", המפריד בין שתי הכוחות.
לאשר לאיזו מהשתיים יש היררכיה גבוהה יותר, ישנן מספר מערכות:
1. זו שמבססת את עליונות הכנסייה על כוח המדינה, שהייתה זו ששררה בימי הביניים שבהם התערבה הכנסייה בעניינים פוליטיים, כמו הפקדת נסיכים. נכון לעכשיו, התערבות דתית ותמיכתה על ידי המדינה היא מה ששולט במדינות מוסלמיות, מלבד טורקיה.
2. זה הדוגל בעליונות המדינה על הכנסייה, אשר אומתה באימפריה הרומית המזרחית. מחלוקת ההשקעות שהתרחשה בסוף המאה ה-11 ותחילת המאה ה-12 עמדה בפני האפיפיורים והקיסרים על ייעוד שלטונות כנסייתיים.
3. מערכת הנייטרליות בין הכנסייה למדינה מבוססת על המדינה החילונית. לכס הקדוש, על פי אמנת הלטראן, יש ריבונות ועצמאות. מדינת הוותיקן נוצרת במקום שבו לממשלה אין השפעה.מדינה איטלקית. החילוניות הפכה חריפה יותר בעידן המודרני, עם לידתו של ההומניזם והתקדשה סופית לאחר המהפכה הצרפתית.
בארגנטינה, המדינה תומכת בפולחן הקתולי, השליחים הרומי, למרות העובדה שיש חופש פולחן. אחרי אותה עמדה קוסטה ריקה, האיטי ופנמה. באורוגוואי, חופש הדת מלווה בשוויון, מכיוון שהמדינה אינה תומכת בשום דת רשמית. בצ'ילה על פי חוקתה משנת 1925, הכנסייה הופרדה רשמית ממדינת צ'ילה. ספרד, קובה, ברזיל, ונצואלה, פרו ומקסיקו, בין היתר, עוקבות אחר אותה מגמה.
