בניגוד לתהליך המאשימה, התהליך האינקוויזיטורי יוזם ומקודם בעצמו על ידי השופט. הוא אומץ בשיטה הפרוצדורלית יוצאת הדופן, באימפריה הרומית התחתונה והוחל על כל ממדיו על ידי המשפט הקנוני של ימי הביניים, בבתי המשפט של האינקוויזיציה, מהמאה השתים עשרה; אומץ גם מהמאה השלוש עשרה ועד המאה השמונה עשרה על ידי שאר אירופה. בין אלה ניתן להזכיר את הפקודה שניתנה בשנת 1670 על ידי מלך צרפת, לואי ה-14, פושעת החוקה הגרמנית קרולינה (1532) וה- Siete Partidas הספרדית של Alfonso el Sabio, מערכת ששמרה על ה- Nueva Recopilación של 1567 ו- Novísima Recopilación של 1805. במאה ה-18, עקב השפעת הנאורות, היא הוחלפה בשיטה מעורבת, עם ערבויות לעיבוד.
התהליך האינקוויזיטורי מאופיין בחלוקה לשלבים, בכתיבה, בסודיות ומקודם בעצמו, לא רק בתחילתו אלא בכל שלביו, עד שמגיעים לגזר הדין.
האשמה שיוזמת את התהליך יכולה להיות פרטית, אפילו אנונימית בחלק מהחקיקה, או יזומה בעצמו על ידי השופט.
מאחר שהתלונה התקבלה על ידי השופט כפי שהוקמה (גם כאשר לא היו ראיות, מאחר שלא היה צורך להתחיל במשפט), החל החלק הראשון של התהליך, שנקרא האינקוויזיציה הכללית, שם הנטען הפשע היה ידוע ומחברו לכאורה, דרך החקירה.
השופט יכול להכתיב מעצר מונע וגם שחרור מהכלא, בערבות, למעט עבירות מוודות או חמורות.
הנאשם והעדים זומנו בכתב. אם הנאשם לא התייצב, הוא הוכרז כמי שאינו יכול להתגונן עוד, אלא אם השופט הבחין בלשון הרע של האישום.
היה גישור שיפוטי גדול, מאחר והשופט נאלץ להפנים את חייו ומנהגיו של הנאשם שאותו יכול היה לחקור. ניתן להשתמש בעינויים כדי לקבל הודאה.
אז היה על השופט להחליט אם לפטר את הנאשם או ללכת למשפט, שם יוכל הנאשם להגן על עצמו. לאחר הגשת הראיות, ניתן גזר דין, הרשעה או זיכוי. בחלק מהמקרים הערעור התקבל.
