כדי לייצר את המזון, הסיבים ושאר המוצרים הנחוצים שלו, האדם שינה מערכות אקולוגיות, ובכך הוליד מערכות חקלאיות, כיחידות יצרניות, אשר מבלי להשתנות לחלוטין על ידי פעולה אנושית כפי שקורה בערים, הן אינן נמצאות לחלוטין. מצב טבעי. בתחילה, האדם טיפח בידיו ובכלים ראשוניים שעשו מעט כדי לשנות את בית הגידול הטבעי. עם זאת, הכל השתנה מהמחצית השנייה של המאה השמונה עשרה. המיכון החקלאי, השימוש בחומרים חקלאיים, הן דשנים והן חומרי הדברה, השימוש בזנים מהונדסים גנטית, הטילו חותמת אנושית על המערכת האקולוגית הטבעית שהעדיפה אותה למטרות יצרניות וביצועים כלכליים, אך התדרדרה מאז נקודת מבט בריאותית סביבתית.
השפעת הטבע אינה מוטלת בספק במערכת האקולוגית שתושפע מבצורת, עודף גשם, מזיקים וכו' (באינטראקציה מתמשכת של מוצרים ביוטיים ואביוטיים), אך התערבות אנושית הטילה את הרווח והביצועים האופייניים, לעתים קרובות לרעת האיזון הטבעי.
טכניקות כמו מונו-תרבות (המווכחת כיום בעיקר בגידול פולי סויה) פוגעות בקרקע ומעדיפות כניסת מזיקים, כמו גם ניצול יתר. נכון להיום יש נטייה להתפתחבר קיימא או שומר על הקרקע והסביבה. הנורמות של דיני הסביבה ואגרו-אקולוגיה תורמות להשגת מערכת אגרואקולוגית יעילה אך לא הרסנית, ושימור המגוון הביולוגי, המונע שינויים אפשריים, ומבטיח שיפור והתקדמות הפעילות החקלאית.
